本學院前身為「理學院」成立於民國91年8月1日，民國94年8月1日改名為「海洋科學與資源學院」 。設置有下列系所：環境生物與漁業科學學系、海洋環境資訊系、地球科學研究所、海洋事務與資源管理研究所、海洋環境與生態研究所及海洋資源與環境變遷博士學位學程， 是國內在海洋科學、漁業科學、海洋生態、地球科學、海洋事務與資源管理等教學及研究上最完整的學府。