本學院前身為理學院於民國91年8月1日正式成立，民國94年8月1日改名為海洋科學與資源學院。設置有下列系所：環境生物與漁業科學學系、海洋環境資訊系、地球科學研究所、海洋事務與資源管理研究所、海洋環境與生態研究所及海洋資源與環境變遷博士學位學程。