本博士學位學程課程之主要結構分為「核心必修課程」及「專業領域選修課程」兩部分。其中「核心必修課程」包含海上實習，以強化學生實作能力；「專業領域選修課程」則包括「環境變遷」以及「海洋資源與管理」兩大領域，課程規劃與課程名稱如下：
必修課程
課程名稱
學分數
授課年級
任課教師
專題討論
4
一、二
學程全體教師
海洋科學專論
3
一
李明安、陳宏瑜
海上實習
1
二
蔣國平、陳明德
畢業論文
12
指導教授
1. 專業選修課程：至少需選修10學分以上：
課 程 內 容
學分
必(選)修
專(兼)任
最高學歷
專長
環境化學動力學
選修
陳宏瑜
專任
博士
環境有機化學、大氣化學、有機地球化學
海洋現象與災害
海洋波浪、海岸與海洋災害、海洋環境因子觀測技術(現場與雷達遙測)
中大尺度海洋波動
海洋科學、物理海洋、海洋內波
海洋基礎生產力專論
龔國慶
海洋環境化學、海水水質、海洋基礎生產力、海洋水色
海洋生態學專論
蔣國平
海洋基礎生產學、浮游生物學
氣候變遷專論
呂學榮
漁場環境、漁業儀器與地理資訊系統
古全球變遷專題
陳明德
海洋地球科學、環境地球科學、古海洋學
古海洋特論
海洋環境變遷專題
分子生態與漁業資源學
陳義雄
魚類系統分類學、魚類生態學、分子演化、演化遺傳學、分子地理親緣學、分子生態學
海洋生物學專論
陳天任
甲殼類動物、海洋無脊椎動物、動物行為、生物多樣性、動物分類學、演化論
浮游生物學論
黃將修
浮游動物與珊瑚礁生物行為與生態、雷射光學科技在海洋生物上之應用、海洋生物攝食生態
衛星漁業資訊處理與應用
李明安
衛星海洋學、漁海況學
沿岸帶資源管理
歐慶賢
漁業管理、漁業法規、漁具漁法
海洋產業創新
廖正信
海洋環境保全、漁業科學、海洋漁場學
數理資源評估專論
劉光明
族群動態學、漁業生物學、統計學
海洋產業經營
莊慶達
海洋經濟產業與休閒、海洋社會科學與社區發展、島嶼永續與海洋生態保育、海洋環境政策與海域空間規劃
水產養殖產業規劃、發展與經營
陳瑤湖
水產養殖學、海洋科學、河口域生態、生物統計學
養殖病害防治策略之產業應用
周信佑
魚類病毒學及動物組織培養
創新的食品科學與技術
蔡敏郎
生物聚合物、食品加工、流變學
國際食品物流管理
蕭心怡
食品加工、食品物流管理、供應鍊管理
深層海水取水工程實務
簡連貴
近岸大地工程、防災科技、大地資訊科技之應用
天然氣水合物專題
王天楷
海底地震儀震測、天然氣水合物探勘、震測資料處理、波動力學
2. 專業選修課程：至少需選修10學分以上：
董東璟
張明輝
