申請學科資格考試：

博士班研究生得於其修業第二學年度下學期申請學程所訂之基本學科考試，但應修習之學分數，除「專題討論」、「海洋科學專論」、「海上實習」及「博士論文」等必修科目外，至少修習4門科目計10學分，方得申請學科資格考試；通過資格考試者，方可成為博士候選人。

申請博士學位考試：

取得博士候選人資格且已在國內外具有嚴謹評審之學術期刊發表與博士論文相關之論文2篇，其中SCI或SSCI之國際期刊至少1篇，始得申請博士學位考試。論文主軸應與海洋資源或環境變遷範疇相關。